Dolaylı olarak ateizm ile ilişkilendirilen kavramlardan biri de, “kuşkuculuk” anlamına gelen septisizmdir. Septikler, açık biçimde Tanrı’nın varlığını inkâr etmeseler de, kendilerini kuşku durumundan kurtaramadıkları ve imanın netlik ve berraklığına erişemedikleri için ateist olarak görülebilirler. Kuşkucuların kaygıları, daha çok bilgiye dayalı bir belirsizliktir ve Allah’ın varlığına ilişkin bilginin, daha doğrusu her çeşit bilginin imkânsızlığını savunmaları sebebiyle ateizme yaklaşmış olurlar.
Septisizm, insanın kendisini asla kuşkudan kurtaramayacağını, sürekli kuşku içinde bulunduğunu, bu haliyle hakikate ulaşmasının mümkün olmadığını ve ona ilişkin herhangi bir kesin bilgiye de ulaşılamayacağını savunan bir akımdır. Onlar insanın duyu ve yetenekleri kadar, aklını da bilgi elde etme konusunda yeterli görmezler. İnsan sürekli kuşku içinde kaldığı için de ne Allah’a ne de O’na ilişkin bilgiye ulaşmak mümkün değildir.
Septiklerin bilgi kaynaklarına kuşkuyla yaklaşmaları, ince bir araştırma ve tahkike yol açması noktasında belli oranda olumlu görülebilse de, bu kuşkuyu sürekli kılmaları ve bütün bilgi kaynaklarından şüphe duyacak kadar köklü hale getirmeleri gerçekle bağdaşmayan bir durumdur. Dolayısıyla bilgiye eleştirel ve metodolojik bakışı ortaya çıkarması sebebiyle, düşünce tarihinde önemli yer işgal etseler de, bu kuşkuyu saplantı haline getirmeleri ve hiçbir güvenilir bilginin mevcut olmadığını iddia etmeleri, onları metodik bir kuşkudan uzaklaştırmış ve âdeta zihinsel bir saplantının girdabına sürüklemiştir.
Şüpheciliğin ilk temsilcileri olarak kabul edilen Pyrrhon ve Protagoras gibi düşünürler, varlıklar hakkında hükümlerimizin çelişik ve göreceli olması gerçeğinden hareketle, hiçbir şeyin kesin olarak bilinemeyeceği düşüncesini ileri sürmüşlerdir. Hiçbir şey hakkında kesin bir yargıya varmanın mümkün olmadığını dahası da hakkında hükme varılabilecek küllî bir hakikat bulunmadığı tezinden hareketle, yalnızca her insanın ancak kendine ait kanaat ve düşünceleri olabileceğini ileri sürmüşlerdir. Bu düşünürler şüpheciliği sistematik hale getirerek bir anlamda okullaştıran düşünürlerdir. Daha sonraları Descartes, ise şüpheciliğin daha metodik bir yansımasını görmek mümkündür.
Görüldüğü gibi şüphecilik, hiçbir varlık ve hakikat hakkında kesin bir tutum takınmamayı ya da hükme varamamayı dile getirmesi, insanın mevcut kapasitesiyle bilgiye ulaşmasının imkânsızlığını savunması sebebiyle nesnel bilgiyi reddeder. Bunun da ötesinde bütün değerlerden, hakikatlerden ve inançlardan kuşku duymanın gerekliliğini benimsemeleri sebebiyle de ateizme önemli bir dayanak oluşturur.
İslâm kelâmcılarına göre, dışarıda bizden bağımsız bir gerçeklik dünyası mevcuttur ve ona ilişkin bilginin imkânından söz etmek de mümkündür. Nesnel gerçeklik, bireylerin yargı, tutum ve bilme çabalarıyla ilişkili değildir. İnsanın bu gerçekliği reddi, kendi varlığını da reddetmesi anlamına gelir. Akıl sahiplerinin nesneler hakkında farklı hüküm ve yargılara ulaşması, bu gerçekliğin bilinemez tabiatta oluşundan değil, tersine bireylerin kişisel farklılıkları yanında düşünce kurallarına riayet edememekten kaynaklanan bir durumdur.
Bireysel farklıklar, bir nesnenin bilinip bilinmemesiyle ilişkili olmaktan çok, nesneye ilişkin bilginin tamlığıyla ilişkilidir. Gündelik hayat bilgisinden çok karmaşık bilgi sistemlerine kadar her türden bilgi insan için mümkündür. İnsanı bu alanlarda bilip etmesinden söz edebiliyoruz. Ancak elde ettiğimiz bilginin tamlığı ve eksikliğinden söz edemiyoruz. Çeşitli sebeplerden kaynaklanan bu eksiklik ve kusur, bizim nesnelere ilişkin bilgimizin imkânını ortadan kaldırmaz.
Diğer taraftan, eşyanın hakikatinin ve ona ilişkin bilginin inkârı, bizi bütün yargılarımızdan ve işlerimizden vezgeçmeye götürür ki, bu insan hayatının devamlılığını riske sokan bir durumdur. Çünkü yaşamak için hareket etmek, çalışmak, gayret etmek zorunda olduğumuza göre, yaptığımız işleri bilmek, onlar arasından daha iyi olanı seçmek ve o konuda bir karara varabilmemiz zorunludur. Hatta gündelik yaşamımız kadar, dinin hakikatleri de dış/nesnel bir dünyanın varlığını ve ona ilişkin bilgimizi zorunlu kılar. Çünkü biz, dinin gerçekliklerini çoğu kere nesnel dünyadan hareketle temellendiririz. Bu sebeple kelâm bilginlerinin inanç esaslarını temellendirmek için dış dünyaya (âlem) sıkça atıfta bulundukları bilinen bir husustur.